崇祯在第二天就把张牍找过去问话了，看来相当心急。
在听了张牍的汇报后，皇帝立即决定在京城外郊选定一个地方，开设制油工厂，一切由张牍负责，各部官员给与全力配合。
张牍重新改进了蒸馏设备，把草席编制的管道都换成了铜材料，由此解决了耐久性问题，又照样让工匠复制了三十套，就这样，每天工厂可产出二十缸汽油。这些油用小陶罐分装，罐口再用泥封起来，便成了可以运输和储存的武器了。
很快汽油罐被发往辽东前线，过了一个多月，关内围剿农民军的将领也要到了一些。待生产工艺稳定后，张牍再向皇帝辞去了督办之职，回了齐文阁。
这时已经到了崇祯五年，京城忽然传来山西瘟疫的消息，据说正一路向京城传来，街面上人心惶惶，许多富户甚至打算举家南迁。张牍知道这时陈孟敬也在山西，便赶紧给他写信，要他回南京暂避。
这边厢，玉莲也收到秦夫人的信，要求他们回南京。
“我想，我们先回南京避一避吧？”玉莲说道。
张牍看着岳母写的信，却陷入了两难。
“这边的事情才刚刚起步，又搬到南京，这杂志恐怕快办不下去了。想当初，我们为了搬来京城，杂志停了两期，这次，无论如何不能再对读者爽约了。”
玉莲急道：“可是命要紧哪！”
张牍看着玉莲说：“我有办法对付的，你放心。”
张牍口中说的办法，也是他一直在思考的事情。他知道明朝末年的瘟疫十分厉害，几乎是明朝灭亡的罪魁祸首之一。如果自己要救世，解决瘟疫问题也是必需的工作。只是古代一没有疫苗，二没药物，要想对付鼠疫，只能从清洁饮食和环境入手。
“我会把我的办法写在杂志上，告诉大家正确的办法。”
张牍便在杂志上写了一篇文章，讲解卫生注意事项。包括清洁水源，捕杀老鼠的事。由于这篇文章要面向普通百姓，便也写成白话形式，刊发到杂志上。
这时，京城已经开始有人感染鼠疫了，张牍觉得等杂志传播已经来不及，便出一期号外，只刊载这一篇文章，印了数千份，叫伙计们上街分发。只是，他没想到，一些大夫却上门找他的麻烦了。
“这些荒谬之言，请立刻澄清。”一个为首的吴姓大夫说道。他的话引起一片赞同声。
张牍知道他们来者不善，也清楚他们愤怒的原因，因为他在文章里劝百姓不要服用任何汤药。
“你们做你们的事，为何要来管我写什么文章？”
吴大夫道：“你的话会误导百姓，现在瘟疫如此猛烈，怎可说不吃药，只要喝开水即可？”
“吃不吃药，是病人自己决定的事，我只是建议，你们有什么意见，尽可以写文章，我还愿意帮你们印。”
“哼，你敢拒绝澄清，我们就去告官，告你妖言惑众。”
“对，去告官。”一众人都附和起来。
玉莲眼看形势不可收拾，赶紧暗地召集伙计们在门口戒备，以防发生冲突。
这边张牍仍然寸步不让，大夫们越说越激动，有人甚至摔打椅子。玉莲看情况不妙，吩咐伙计上前，围住了大夫。大夫们见自己被包围了，胆也虚下来。领头的吴大夫撂了几句狠话，便带着众人匆匆离去。
这时，一个姓丁的大夫忽然回头，阴恻恻地笑道：“我知道你跟朝廷也有来往，官府未必敢管你，不过，我会去找都察院，让言官向皇上弹劾你。”
这句威胁实实在在戳中了张牍的心思，他一直都小心翼翼地避开言官的视线，就是不愿得罪他们，如今，这帮人去请言官出动，事情可就麻烦了。
玉莲也听到了这句话，待人群散去后，她忧心忡忡地问道：“要不，我们就跟他们道个歉吧？”
“不可，”张牍态度坚决地说：“如果一得罪人，就退让，以后我们什么事都做不成。”
“那你打算怎么办？”
“他们不是找言官吗？我就先打倒言官。”张牍冷冷说道，眼神犀利地看向远处，“大明的事情，就是坏在这帮言官身上。当年袁崇焕也是死在他们手里，如今，我绝不重蹈覆辙。”
都察院的府邸在京城南门口，向来是繁华之地。大夫们在吴大夫的带领下，去求见了相熟的一位于姓御史，那御史也很高兴，表示一定会弹劾齐文阁和张牍。大夫们得了保证，都放下心来，各自回家。
当天夜里，一个仆人打扮的男子匆匆跑到齐文阁，指名找玉莲，然后塞给她一封信。她打开一看，竟是父亲写的，内容是都察院御史正在商量弹劾齐文阁和张牍的事情。玉莲知道情况危急，只得把当天秦盛夜探张牍的事情对张牍说了。
“你为何不早些告诉我？”张牍有些生气地问道。