虽然同被称为东印度公司，但英国、荷兰，还有后来成立的法国的公司，其在组织结构和营运方式上却各具特点，有很大的差异。这种差异对三家公司其后的历史发展也有着重大意义。
对于法国公司，之后会专门进行论述。在这里，首先介绍17世纪中叶经营管理已经步入稳定时期的荷兰和英国东印度公司的公司组织结构和营运方式。
由六个城市的公司合并而成的荷兰东印度公司拥有相当复杂的组织机构。说到公司，我们一般首先会想到总公司的存在，但荷兰东印度公司却没有总公司，有的只是在联合公司成立之前设于各城市的称为卡梅尔（carmel）的六个分部。各分部拥有自己的造船厂，独立舾装后派遣船只前往东印度。但如果各分部各自为政、胡乱派船的话，就不能称为联合公司。关于公司的整体经营，由各分部的代表约60人组成董事会来负责。在董事会董事的构成上，阿姆斯特丹有20人，泽兰有12人，其他四個分部则各有7人，董事这一职位起初是终身制。
在东印度公司成立前各个城市自行航海的时代，计划并资助航海的人要负无限的责任，但在东印度公司成立之后，这种责任就变成了有限的。即便如此，最大分部的董事至少必须出资6000荷兰盾，万一公司出现亏损，必须首先使用这些资金来填补亏空。但在特许状中，关于以公司名义负担的针对第三者的债务，则明确注明他们无须承担。这种有限责任制被现代的有限责任公司所延续。起初，董事的收入因每次航海的利润不同而上下波动，1647年，公司引进薪酬制并实行固定工资制。
另外，一般的公司股东，最低也能收到10%左右的分红，平均则能收到20%，但他们对公司的决策和经营方针没有任何影响力。这一点和后面提及的英国东印度公司的情况大不相同。还有，公司不发行股票，出资者及其出资额只是计入公司的账簿而已。但由于拥有稳定的高分红率，荷兰东印度公司的股份大受欢迎，据说最高时曾按照400%以上的溢价率进行交易。
对于公司的实质性经营方针，由董事中选出17位重要董事开会决定。该会议也被称为“十七人会议”。每年召开两到三次。在这17人中，阿姆斯特丹有8人、米德尔堡（泽兰）有4人、其他四个分部各派1人，最后1人由阿姆斯特丹以外的五个分部轮流派人担任。之所以采取这一做法，主要是出于避免让阿姆斯特丹的重要董事超过半数的考虑。十七人会议的会场有六年设在阿姆斯特丹，其后的两年则设在米德尔堡。
十七人会议下设财务、监察、财产管理、舾装、通信等委员会，由出身各卡梅尔（分部）的董事具体负责。由于和东印度之间的通信业务特别重要，在海牙设立了专门的事务局。十七人会议的主要工作是决定各卡梅尔派往东印度的船只数量和公司员工、船员、水手的人数，确定运往东印度的商品的种类和数量、在东印度的进货种类和数量，决定东印度商品的拍卖以及对投资者的分红。
十七人会议的指令和订单，首先全部送至设在巴达维亚的印度委员会。以总督为首的六人组成的印度委员会，在统一管理分散于亚洲各地的商馆和要塞的同时，与十七人会议保持密切联系，参与公司整个贸易业务的运营工作。财务会计、商品管理，以及与本国的通信联系等商业相关业务自不必说，由于公司在东南亚拥有以巴达维亚为代表的几处直接统治的地区，所以这些地方的行政、司法、军务等工作也在印度委员会的管辖之下。
虽然印度委员会有义务每年向本国的十七人会议提交报告，但由于通信往来至少需要一年半的时间，所以日常工作基本上全由巴达维亚的总督全权决定。此外，从各商馆和要塞提交的报告和咨询也都先集中到巴达维亚，此处可以处理的事情一般就立即处理了。
后面还会提及，在荷兰东印度公司的所有业务中，亚洲各地的贸易占了极大比重。这些贸易基本都是由巴达维亚总督和印度委员会负责处理。关于本国的十七人会议和巴达维亚的印度委员会之间的关系，18世纪初叶曾担任总督的扬·凡·瑞贝克（JanvanReibeek）曾说过这样一句话：“祖国的绅士们在祖国下达最高指示，但在这里，我们根据自己的良知做出判断。”据此可知，巴达维亚的印度委员会与其说是东印度公司在当地的办事处，不如说是类似于亚洲总部那样的重要机构。
英国东印度公司的组织结构和营运
英国东印度公司的体制，与本国没有总公司而在亚洲拥有强大中心据点的荷兰东印度公司形成鲜明对照。英国东印度公司在本国设有稳定的总公司，而在亚洲却没有像巴达维亚那样的中心据点。
在16世纪中叶取得克伦威尔颁发的特许状（1657）和查理二世颁发的特许状（1661）之后，英国东印度公司的组织结构逐渐固定下来。这些特许状中，首先承认公司拥有永久资本。英国东印度公司从此成为股份有限公司。其次，在东印度，公司的司法权、货币铸造权、保护贸易活动的军事权、非法贸易船只的检举权也得到承认。其他的英国人团体所进行的海上违法贸易活动，对于试图以垄断来确保收益的东印度公司而言，是一个很大的威胁。在取得特许状之后，该公司终于可以名正言顺地亲自取缔这些组织了。
伦敦的总公司办公大楼经过数次搬迁之后，最终选择了位于利德霍尔（Leadenhall）街的克拉文大楼（CravenHouse），这一建筑物后来被称为“东印度大楼”。此外，公司在泰晤士河下游的黑墙（BlackWall）设有造船厂、货物仓库、退役水手医院等。
每年4月，公司召开股东大会，投票选举24位董事（其中总裁1名、副总裁1名）组成董事会，以负责公司的日常管理工作。每持有500英镑股票的股东有一票的投票权，每增加500英镑则相应地增加一票投票权。与荷兰东印度公司的不同之处在于，英国东印度公司的股东可以按出资比例间接地参与公司的经营和管理。
董事会至少每周召开一次，围绕船只派遣计划、装货计划、运回商品的销售计划、发给亚洲各地商馆的命令和人事等问题进行商议。董事会下设总会计、监察、书记、律师、审计等各种高级职位，董事在各自分管的委员会中开展相关工作。
另外，17世纪前半期的亚洲，公司位于爪哇岛的万丹和印度西北部的苏拉特的商馆占据着最重要的位置。但无论是哪一个商馆，都是设置于当地统治势力之下，在防御能力方面存在若干问题。另外，公司的活动也一定程度受到当地统治者的制约。之后，马德拉斯、孟买以及17世纪末的加尔各答的重要性开始增强。在这些地方，除了商馆，英国人还设立要塞并派兵驻守，其行动几乎不受当地统治者的制约。到17世纪末，英国人在这三个城市分别派总督进驻，令其分别管辖属地内的商馆。比如，波斯的商馆属于孟买辖区，亚齐的商馆属于马德拉斯辖区。
由总督负责召开的委员会，不仅负责贸易业务，还负责东印度公司有关船只和士兵的军事行动与作战指挥、辖区内与臣民相关的领事业务和审判，还有和当地统治者之间的外交谈判等。上述三地的总督辖区也和巴达维亚一样，相对于伦敦的总公司拥有一定程度的自主权和独立性，但并不像巴达维亚那样实行集权统治。