袁崇焕斩杀毛文龙这震撼一时的历史事件产生了广泛的影响。
首先，拔除了威胁明朝东北边疆安全的隐患，沉重打击了东江的离心势力，使明廷权力得以控制东江。
其次，以铁血的手段遏制了东江恶性膨胀的将权，此后虽然出现了相互攻杀的情形，但是“将权益卑”，继任者的威势完全无法与毛文龙相比，东江也就没再出现敢于与明廷对抗的跋扈武将。
再次，改变了自天启元年以来正面战场和敌后战场各自为战的局面，统一了两大战场的指挥权，为两路出兵的复辽计划提供了可能性。
最后，斩杀了有种种不法的乱帅，严肃了东江军纪，革除了毛文龙时代的种种虐政，这既遵行了军法，也维护了朝廷的纲纪，使作恶者得到应有的惩罚。
而实现以上的积极影响，只是付出了斩杀一帅的代价。
斩帅之后，东江镇中的毛文龙亲信虽然汹汹欲乱，但是在袁崇焕的宣慰之下，波涛不惊，整编了东江军队，清理了东江粮饷，东江大权也顺利地转移到袁崇焕支持的刘兴祚兄弟手中。
在斩杀毛文龙的过程中，袁崇焕虽然有一些不尽如人意的地方，但是他以督师之重，深入扈帅军中而处之泰然，事先做齐一切准备，并随机应变，授计杀帅，掌握其生死于掌中，斩帅之后又安抚其手下的骄兵悍将，轻松地易置其亲信将领，做到控制权的顺利过渡，个中的手段和胆略着实令人叹服，可以说是袁崇焕辽事生涯的一大杰作。
即使是袁崇焕被定案惨杀的崇祯三年秋，赵维寰仍然说：
“夫毛帅之当斩，非独在犄角无功也。
昔天启朝，曾假逆芳谩书，直达御览，书中自称毛大将军，而以弃明投暗语指斥先帝，尔时无上之罪固已不胜诛矣。
迨登海扬帆，震惊内地，而帅之本谋尽见，此而不诛，是无国法也。
诛之，势不能系之阙下，不得不谋之海外，谋之海外，呼吸安危，间不容发，而必责以请命，是又无兵机也。
崇焕伎俩，自宁锦再捷后，此役尤为见奇，嗡张卷舒，种种合法，弄逆帅于股掌之上，而一军贴息，莫之敢哗，将略真有大过人者”。（赵维寰《雪庐焚余稿》续草卷1《议斩帅》）
正因如此，毛文龙被杀后，当时“通国快然”，“天下称快”，“众咸快心”，“众口附和，视为奇举、“议者皆以为功”，几乎异口同声地为斩帅叫好，盛赞袁崇焕有古英雄豪杰之风。
同时代杰出的军事家孙承宗、茅元仪也对袁崇焕的斩帅给予高度评价。
孙承宗于袁崇焕被杀之后曾作诗“东江千古英雄手，泪洒黄龙半不平”，就是说斩帅一事是英雄手笔，袁崇焕蒙此罪而死是有所不平的。
茅元仪听闻斩帅之事，作诗云“东来消息渐闻真，可为吞胡志欲申。木叶城边明律令，梨花枪底失精神。九年兴废如痴梦，一日权豪失贡臣。只怪无双称国士，如何借绯饵他人”，即认为袁崇焕斩杀毛文龙是规复辽东、严肃军纪的国士之举，但是对袁崇焕借用宋献为东江饷司以迷惑毛文龙有所微词。
茅元仪更视斩帅一事为崇祯圣政，所作《述圣》诗十首其三云“一杆黎花作镇东，不名久己踵桓公。宋家不解君王意，不待新塘始奏功”。
下注云“江东帅毛文龙擅兵海外，先朝诏旨久矣不名，畏上威灵，为督师所戮，不敢动”
当时人之所以会有这样的反应，正是因为毛文龙已经成为封疆大蠹，所谓“识者无不谓其疆场之蠹”，以种种不法挑战朝廷纲纪，引起公愤，所谓“朝野人人痛恨”，“毛文龙功罪本末，举朝共知”。
有些不明毛文龙不法罪状的人，受惑于毛文龙的牵制之名，对袁崇焕的杀帅是有质疑的。
如王思任在致茅元仪的信中称：
“顷见袁督师赚杀毛帅，此朱亥伎俩也，谁为画此策者？毛帅在诸岛中，不知海外情形，不审牵制果否得力。但以私臆度之，帅即无功，亦似无罪。
贪悍二字，乃将官本等。况招商屯种，亦是着数利之所在，精神血气往焉。何以忌为働之？”（王思任《简茅止生》）
这个说法代表着当时人对斩帅的一种异论。
而有的人出于同乡之情更因此欲上疏弹劾袁崇焕。
如崇祯二年正月曾经上疏为毛文龙诉苦的工部主事徐尔一于该年九月，“奏袁崇焕前后奏对，多相谬戾，且数其矫沼斩文龙，罪大不道，设十问诘之，留中”。
《甬上耆旧诗》卷27《知事庄天目先生学曾》云“时经略尚书袁崇焕袭杀岛帅毛文龙，先生上疏劾之，所司匿其疏不为上”
又《闽中理学渊源考》卷76《宗伯林平養先生欲楫》载“怀宗立，升礼部尚书掌詹事。朝议诛毛文龙，力言不可，与阁忤，假归三载，召修实录”
这种异议的存在是必然的，因为袁崇焕的斩帅确实存在不小的问题。
首先，毛文龙当时虽然跋扈不臣，但是反行尚未显露，很多人认为毛文龙只是糜饷无功、跋扈不受节制，他们并不清楚毛文龙的种种不法，而袁崇焕本人与毛文龙向有嫌隙，他施加于毛文龙的十二斩罪有些罪状罪不至死，有些则根本称不上罪状，这就形成了一种舆论，认为袁崇焕杀帅理由是不充分的，属于公报私仇。
而且，更令他们惊骇的是，袁崇焕没有事先请旨，也没有绑献朝廷处置，而是擅作威福，越权逾制，私下定计诱杀毛文龙，这种做法是破坏朝廷决策、执法程序的始作俑者，日后如果有人效尤，那么朝廷纲纪必然大乱。
即使是受毛文龙侵害的朝鲜人对袁崇焕的擅杀大帅也颇有微词，如崇祯二年七月，鲜王说“以堂堂中国，诛杀一将，有何难事，至于行计招往，密谋诛之耶”
九月，朝鲜文科初试以“拟皇朝督师袁崇焕谢，不治擅诛毛文龙之罪，仍赐奖誉”为题，这样的出题如朝鲜人说“藩邦陪臣，乃举经略姓名，以擅诛等语，出题于科场，传播远迩，经略闻之，其心安乎”
正因如此，斩杀毛文龙一事，使袁崇焕蒙上了擅杀大帅的过错，袁崇焕也为自己的做法深感不安。
他屡屡强调自己是为复辽和军纪而斩杀毛文龙，并宣誓将践行五年复辽来赎洗自己的越权之过：
“然皇上宽职，职终不敢自宽也。专诛何事，而自职开之，万一后又矫命雄行，以不利疆场者，将以职为嚆矢。
是皇上即赦职一时，职终无逃于千古，计惟有践五年之约，平奴自赎。
他日论功，职正赎死而不受赏，则万世之下知职所以杀文龙者封疆之故，则皇上今亦为封疆容职。
皇上为千古会期，职亦叩无深渥，岂不太平盛际哉？谨斋心再请，伏乞圣断施行。”
他更铿锵有力地宣言：
“臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣”。
这就将自己的生死寄托在五年复辽的成败，如果五年可以复辽，那么崇祯不会计较袁崇焕的擅杀之过，如果五年复不了，那么崇祯将追究袁崇焕的罪过，斩帅一事也就有翻案的隐忧。
更甚者，毛文龙生前负有牵制之名，如果敌人在毛文龙死后前来，人们将怀疑是由于斩帅的缘故使牵制敌人的力量没了，这样斩帅一事必不可免会遭到他人事后的非议。
如崇祯二年七月，巡关御史方大任所担心的那样：
“但职于此犹有过虑焉。盖文龙未死，无牵制之实，而有牵制之名。
今恐我未前，而敌先来，人将议其后矣。文龙未死，无死敌之功，而又制敌之任。
今恐我前呼，而敌后应，人又将议其后矣。
袁崇焕之益宜竭力也，如曰五年不结，即以诛文龙之剑自诛，岂忍言哉！
伏乞皇室益励崇焕，毋以擅诛文龙而引嫌，诛一文龙，而崇焕之局更宜早结。毋以已诛文龙而自满，诛一文龙而崇焕之任更益重大”。（《东江遗事》卷上《援辽功绩》）
方大任的说法并非过虑，己巳之变的发生和毛文龙案的反复正如他所预料的那样。
方大任没有提到的一点是袁崇焕的斩帅也遭到了朝廷中毛文龙党羽的忌恨。
毛文龙累年向朝廷显贵贿赂参貂，早已形成枝蔓甚广的利益集团。
袁崇焕申严海禁使毛文龙党羽失去走私的利窦，斩帅之后，他们再失贿赂的来源，因而他们非常仇恨袁崇焕。
毛文龙死后，其余孽散走都下，与毛文龙党羽联合，形成了反袁崇焕的政治联盟，他们到处散播谣言，中伤袁崇焕，企图为毛文龙平反。
袁崇焕在毛文龙逆形未著的情形下，逾制擅杀大帅，并宣誓以五年复辽来弥补自己的过失，这就给袁崇焕的个人命运埋下了严重的隐忧。
当时袁崇焕的部属何可纲对他说“生文龙，天不幸；用文龙，朝廷不幸；杀文龙，公不幸”，即是此意。
而毛文龙案之所以会反复很重要的一个基础，便是毛文龙其人虽非正人善类，但他并不是无功有过、十恶不赦的大罪人，天启年间他的抗金斗争是有大功于明的。
崇祯初那种*****文龙的倾向并不符合事实，袁崇焕拟定的毛文龙十二斩罪，完全抹煞毛文龙之功，简单地归恶毛文龙，这本来就属过分之举。
在崇祯和东林内阁的支持下，袁崇焕可以压制朝野的质疑声音，使自己擅杀之过免于究责，但是这一切的支持都是建立在五年复辽的协议之下。
在斩帅一事上，崇祯给予了袁崇焕最大的包容，他对袁崇焕的隆恩也蕴含着对五年复辽的责效，如果袁崇焕不能履行承诺，奏复辽之绩，那么此前对斩帅的支持会被通通推倒，而反过来追究袁崇焕的擅杀之过。
袁崇焕是不幸的，斩杀阻碍复辽的毛文龙，整编东江兵马，两路出兵的作战计划已经具备可行性。
袁崇焕不主张东江兵困守海岛，他准备将其移镇，“用岛兵于陆”，如他在给鲜王的咨文中说“其东江一师，拨令西徙，以图进取”，很有可能是将大部分兵马移至盖州套。
为此，他又开始组建东江骑兵营，“设马设料”。由于战马急缺，所以直至崇祯二年九月，袁崇焕还在上疏请饷买马。当时的辽东前线，宁远、锦州、山海关有袁崇焕、祖大寿、赵率教、何可纲等名帅良将坐镇，东江军镇则有矢忠于明、了然敌情的刘兴祚兄弟控制，可以说是极一时之选。
两大战场事权高度的统一，指挥协同的问题得到很大解决，所需要的只是足够的时间来补充战备、训练兵马、积聚力量，等到时机一到，宁锦兵与东江兵一正一奇，犄角作战，更迭进取，当时的辽东战争还是存在着变数。
为争取备战的时间，袁崇焕力主和后金议和，以为缓兵之计，当时皇太极迫切地愿与明朝议和互市，如果议和达成是有利于明的。
但是崇祯和明廷的阁部大僚都反对议和，这种战略上的短见使得袁崇焕的计谋不行，而皇太极得知明廷内部反对议和的占据绝大多数，议和已经不可能实现，于是决定发动侵明战争以为报复。
皇太极的先发制人和袁崇焕在蓟镇防御、碦喇沁朵颜部上的失策最终促成了己巳之变的发生，破坏了他苦心经营的成局。
毛文龙被杀三个月后，即崇祯二年十月下旬，后金与蒙古属部的联军在皇太极的率领下，绕过关宁锦防线的侧翼，取道蒙古高原，直抵蓟镇边外。
龙井关、大安口很快被攻破，不久重镇遵化也陷落。
袁崇焕率关宁兵星驰至蓟州防御，婴城固守，却没料到敌人绕过蓟州，向西进攻北京城。
袁崇焕得知后，心急如焚，日夜兼程，回救京师，在广渠门与左安门与后金军血战。
十二月初一日，袁崇焕奉旨召对于平台，崇祯厉声“问以杀毛文龙，今逗留何也”，遂被逮下锦衣卫狱。
袁崇焕的下狱给阉党余孽和毛文龙党羽提供了反攻倒算的良机。
早在毛文龙被杀之初，“文龙私人在都者”早已四处活动，煽惑人心，他们“广布流言”，声称袁崇焕是出于个人恩怨而斩杀毛文龙。
后金入口之后，他们屡屡扬言“文龙不杀，建虏未敢深入。崇焕欲与和，反受其间”，“以图复仇”。
当后金越蓟州而西，袁崇焕赶在后金前面抵达北京城下，他们又说“袁兵在前，奴兵在后”，是因为袁崇焕“将引敌胁和，以为城下之盟”。
袁崇焕又请入罗城休兵，一时“谗口益力”。
这种种恶毒的遥言，正如赵维寰所说，“皆逆帅孝子慈孙痛香饵之不再，而造是以突惑妇穉也者，须眉丈夫乃亦为所惑耶？”
在毛文龙党羽的煽动下，有些不明真相的正人善类也受其盛惑，结果“其私言者私，其公言者亦忘焉其非公也。于是乎为文龙讼冤者有之矣，复官者、请恤者纷纷矣”。
阉党余孽仇恨定逆案的钱龙锡，“以为不杀崇焕无以杀公，不以谋叛无以杀崇焕，不为毛帅颂冤，则公与崇焕不得同罪。于是出间金数十万，飞箱上下，流言小说造作端末，不特烈皇证其先入，朝野传告亦为信然”。
逮治袁崇焕后，崇祯宣谕各营援兵和督师的孙承宗，只是强调己巳之变中袁崇焕的军事失误，并未提及斩帅事。
但是毛党、阉党马上执以为词，将议和与斩帅联系成一事。
十二月十六曰，阉党余孽江西道高捷上疏极诋袁崇焕与钱龙锡，以斩帅为两人之罪：
“崇焕之杀毛文龙也，龙锡密语手书，不一而足，即崇焕疏中亦有辅臣龙锡低徊私商之句，见在可券也。
夫文龙当斩，事关军机，崇焕入朝奏对，何不预请密旨？
崇焕出海阅视，何不飞驰蜡封？
而身处揆席，恭预密勿之龙锡，又何止闻私寓之低徊，不闻文华之商确也？
总之，欲外示专制，内胁至尊，因以渐成款局。
两人阴谋诡计，目中安知有皇上乎？
且臣又闻崇焕与罪枢王洽私书，言‘屡欲求款，庙堂之上，主张已有其人。文龙倘能协心一言，自当无嫌无猜’。
不知崇焕所欲文龙协者何心，一者何意耶？
崇焕效提刀之力，龙锡发推辨之谋，应手而办，莫逆于心，宜乎龙锡今日皱眉疾首，而不得不作同舟之救也”。（《崇祯长编》卷29）
高捷的奏疏发展了毛党散布的谋款杀帅、斩帅践约说，他抓住袁崇焕致兵部尚书王洽信中论及斩帅、议和的话，断章取义，附会牵连，认为袁崇焕力主议和，毛文龙作梗不从，故袁崇焕杀毛文龙以示信后金，约为城下之盟。
让袁崇焕处境更为不利的是刘兴治在皮岛的兵变。
刘兴治是袁崇焕所任用的摄领皮岛西协的参将，此次兵变又留给反对者口实。
与袁崇焕有私人恩怨的兵部尚书梁廷栋，乘机题请以斩帅事定袁崇焕斩罪：“迨夫逆酋以纳款愚崇焕，而必杀文龙以取信。崇焕以碍款图文龙，而引敷奏为主谋
……仍以专杀文龙正崇焕罪，立付西市，且不必言为款为叛，致奸人挑激有所藉口，则逆奴之谋既拙，辽人之心亦安”。
有些人则认为毛文龙无罪被戮，袁崇焕斩帅逞私，岛兵作乱是因为思念故帅毛文龙的缘故，建议用其子毛承禄镇定戡乱。
如崇祯三年五月，兵科给事中陶崇道称“即如东江先帝时，不早讲求，而使崇焕借以行其私，毛文龙无罪就戮，当时尚有昌言誉之者
……今闻岛兵又已告变，夫既不地之于先，将何法善之于后，臣谓岛师以思故帅而起，则文龙之子承禄现在都门，可使以片语定之，但宜速不宜缓耳”。
得旨“东江戢乱事宜，兵部速议以闻”。（《崇祯长编》卷34）
六月，兵部尚书梁廷栋覆疏称“若东江一事，盈廷之议，谁执其咎。
平心而论，文龙即可杀，而崇焕非杀文龙之人，崇焕即不杀文龙，亦无所逃于失陷封疆之罪。
至于所用之将可不可，判然各别，又不必从文龙、崇焕起见也。
近闻刘兴治之报，臣部原议有能定其变、抚其众者，即以大将印佩之，科臣谓文龙子承禄身为副将，久历行间，现在都门，知之必实，应令仍归守岛，听枢辅酌量委用可也”。（《崇祯长编》卷35）
崇祯三年五月，明廷收复了关内失地，始对事变责任人袁崇焕进行清算，斩帅一事逐渐成了袁崇焕的罪名。
八月初四日，山东道御史称：“去辅钱龙锡主张袁崇焕斩帅致兵，倡为款议，以信五年成功之说，卖国欺君，秦桧莫过。
当龙锡出都，细软数万，皆崇焕马价寄之伊亲锦衣卫指挥徐本高家，巧为钻营，使皇上法不得伸。
乞敕问刑衙门从实严讯，崇焕曾否通书，龙锡曾否主谋，则擅权主款，罪状自不能掩矣。
得旨“崇焕擅杀逞私，谋款致敌，欺藐君父，失误封疆，限刑部五内具奏。龙锡职任辅弼，私结边臣，商嘱情谋，互蒙不举，下廷臣佥议其罪”（《崇祯长编》卷37）
八月十六，崇祯磔杀袁崇焕，并在平台召对宣谕其罪状：“袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国，斩帅以践虎约，市米以资盗粮，既用束酋，阳导入犯，复散遣援师，明拟长驱，及戎马在郊，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，意欲何为，致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿，重辟何辞”。
擅杀逞私、谋款杀帅、斩帅践约正式成为袁崇焕法定的罪名。
支持袁崇焕杀帅的辅臣钱龙锡，则被削职论死，后减等戌边。
而之前上疏盛赞斩帅的科道官“皆罢斥”，毛羽健、毛九华、王应斗更被判以谪戍。
崇祯对毛文龙功罪一直了然于心，他虽然顺应“斩帅践约”的朝议，将擅杀大帅作为袁崇焕的一大罪状，但是他并不认为毛文龙罪不当诛。
当毛文龙党羽藉袁案订立之际，为毛文龙翻案，马上遭到崇祯的训斥。
崇祯三年六月，“前东江副总兵毛承禄诉父文龙之冤”，声称毛文龙十年来“种种奇绩，未易悉数”，不幸“隅命于逆臣之剑銘”，崇祯“不听”。
崇祯三年十月，东江游击周文煌疏请毛文龙恤典，崇祯的旨意是“文龙历年糜饷，牵制无功，文煌岂得借端渎奏，本当究处，姑念愚弁从宽，其文龙骸骨准亲人领埋”。（《崇祯长编》卷39）
可见，在崇祯看来袁案和毛案是两码事，不能因袁案的订立而为毛案平反。
正如赵维寰所说：
“夫上而信以毛帅为不当斩，何东江请恤之疏至，而严旨切责，不少假借，如曰‘毛文龙糜饷百万，掎角无功，何得乘机，妄称忠义’，天语煌煌，读之犹足慑逆魂于既死”。
程本直也说：“犹幸皇上之圣而明也，一则曰‘文龙有应得之罪也’，再则曰‘不得藉口于崇焕也’。是则文龙之杀，文龙之罪也，而非崇焕罪也”。
也就是说，对于袁崇焕的斩帅，崇祯介意的是他的擅杀，而不是妄杀。
崇祯之所以利用毛党制造的斩帅践约的罪名施加于袁崇焕，其原因在于对袁崇焕五年复辽欺君的憎恨，他因为以通敌谋叛的罪名严惩袁崇焕缺乏说服力，故以斩帅践约的罪名来加甚其罪。
这样的做法造成的后果是斩帅和议和原本无关的两案被人为裁定为一，毛文龙的乱帅形象反倒从此逆转。
如赵维寰所说“自擅斩二字入爰书，而政扈巨奸反为生色，秉钺大吏黯然无光。今而后，危边悍将脱有踵逆帅之故智而起者，更谁为之制其命也”
他建议将爰书牟款中去除斩帅一字，不然“援擅斩为口实者，恐徼旌恤不止，而尊悍帅为忠良，以兵机为矫制，即崇焕之目亦岂肯遽瞑地下目也”。
不出赵维寰所料，袁崇焕“斩帅践约”罪名的钦定正是造成日后毛文龙案反复的主要原因。
在强大的官方舆论的诱导下，明人几乎众口一词，津津乐道、绘声绘色于描述袁崇焕如何如何为议和与后金合谋杀帅，毛文龙种种当诛之罪状遂为人们所不知，有的人甚至反过来夸赞毛文龙如何如何贤能，比袁崇焕杀毛文龙为秦桧杀岳飞。
其实，当时袁崇焕正大光明地力排众议，主张和谈，其实质只是缓兵备战之策，而当时毛文龙与后金交结来往、藉敌为利，即毛疏揭亦言与后金和款，显然不可能有袁崇焕担心毛文龙泄露其计之事。
对此，孟森有一段精彩的评论：“乃至北都既覆，弘光之朝，正人君子，尚理崇焕通敌胁和之说，津津而道，若情事逼真。
此则明统一日不绝，崇焕功罪一日不明。
天启朝实录中，多有毛文龙之罪状；至归恶崇焕以后，反以文龙为贤，谓文龙为建州所深忌，非杀文龙必不能取信于建州。
夫而后崇焕之杀文龙，乃与通敌胁并为一事。此不必佥邪为是言，贤者亦为是言，是可恫矣”。
直到清修《明史》，反间计出，袁崇焕得到了平反，套在他身上的“斩帅践约”罪名被解除，毛文龙案因而出现转机。
在武英殿本《明史》中，《毛文龙传》附于《袁崇焕传》中，主要是因其事迹紧密相涉。
传中述及毛文龙称“顾文龙所居东江形势，虽足牵制，其人本无大略，往辄败衅，而岁糜饷无算，且惟务广招商贾，贩易禁物，名济朝鲜，实阑出塞，无事则繁参贩布为业，有事亦罕得其用”。
论及袁崇焕斩帅，以《东江始末》及当时邸报为据，摈弃了明清易代之际流行的种种“斩帅践约”的谬说，但又说“然岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其后致有叛去者”，结论是“崇焕妄杀文龙”。
《袁崇焕传》沿袭了崇祯初的糜饷无功说，对于毛文龙的种种不法不甚了了，认为袁崇焕斩帅的理由是不充分的，且因为后来的孔、耿之叛，对袁崇焕的斩帅有否定的意味，故持妄杀之论。
作为权威的官方正史，《明史》的影响很大。
在袁毛功罪的问题上，它既批毛牵制无用，又指袁无罪妄杀的中立立场，不仅不能调停袁毛争论，反倒使争论愈演愈烈。